La Autoridad Portuaria de Alicante tiene certificado su Sistema de Gestión de la Calidad según la norma UNE EN ISO 9001:2015 con el siguiente alcance: Gestión de concesiones y autorizaciones con ocupación de dominio público, de escalas de buques y de servicios portuarios. Dicha certificación ha sido emitida por el organismo Lloyd’s Register Quality Assurance (LRQA).
Durante el tiempo que lleva implantada dicha norma, desde el año 2003, además de velar por el cumplimiento de los requisitos en los servicios prestados, se ha hecho hincapié en la reducción de los tiempos de tramitación de otorgamientos de autorizaciones y concesiones portuarias, así como en mejorar la satisfacción de los clientes. En el año 2012 se amplió el alcance del sistema a la gestión de escalas de buques, y en el año 2018 se ha ampliado a la gestión de servicios portuarios, abarcando el proceso de mejora continua las tres principales áreas de negocio de la Autoridad Portuaria de Alicante.